Sekretariatsbetjeningen af Energitilsynet varetages af Konkurrencestyrelsens tre energicentre - Energicenter EL, Energicenter GAS og Energicenter VARME. Vicedirektør Finn Dehlbæk har ansvaret for tilsynet. 

Energicentrene klargør sager til behandling i Energitilsynet og sørger for, at parterne får besked om afgørelserne, samt at afgørelserne bliver offentliggjort.

Desuden træffer centrene selv afgørelse i de mere rutinemæssige sager. Afgørelserne træffes efter praksis og retningslinier, som tilsynet fastlægger.

Center for Energi afgjorde i 2007 i alt 962 sager. Den gennemsnitlige sagsbehandlingstid var 3,2 måneder.

For at fremme effektiviteten i energisektoren udvikler centrene værktøjer til benchmarking og gennemfører benchmarking.

Centrene deltager i det nordiske og det europæiske samarbejde mellem landenes regulatormyndigheder.

Centrene varetager kontakten til energisektorens brancheorganisationer og til andre styrelser og myndigheder.

Desuden bidrager centrene aktivt til at synliggøre Energitilsynets opgave, synspunkter og afgørelser. Både gennem foredrag, hjemmeside og en voksende kommunikation via medierne.

Opgaverne er fordelt således:

Kontorchef Rune Moesgaard, Energicenter EL:

• Elektricitet, herunder benchmarking, regulering af transmissions- og netvirksomheder
• Energinet.dk (elektricitet)
• Afgivelse af høringssvar og fordeling af sager mv.
• Forsyningspligt elektricitet

Kontorchef Jeppe Danø, Energicenter GAS:

• Naturgas
• Energinet.dk (naturgas)
• Internationalt arbejde
• Udvikling af benchmarkanalyseværktøjer (naturgas)

Kontorchef Kamma Eilschou Holm Jonassen, Energicenter VARME:

• Varme
• Juridisk kvalitetssikring og vurdering
• Energiklagenævnet, herunder ankestatistik, udarbejdelse af svarskrifter mv.
• Benchmarking
• EU-jura
• EnergiData Online
• Ankenævnet på Energiområdet

Sekretariatet har i øjeblikket godt 45 medarbejdere.